提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
春运高峰期火车票今起开售,周六可买除夕当天车票******
今日起至1月7日,2023年春运高峰期火车票将迎来销售高峰,7日当天可买除夕当日火车票。
2023年春运从1月7日开始至2月15日结束,为期40天。根据今年春节的放假安排,1月21日(星期六,除夕)至27日(星期五,初六)放假调休,共7天。1月28日(星期六)、1月29日(星期日)上班。
按照旅客出行规律,2023年春运高峰期为腊月廿八(1月19日)、腊月廿九(1月20日)、除夕(1月21日),这三天的车票分别于1月5日、1月6日、1月7日开售。
目前,北京7大火车站火车票起售时间不同,北京西站、北京丰台站8点起售;北京站和北京朝阳站10点起售;北京北站中午12点起售;北京南站中午12点30分起售;清河站16点起售。
铁路部门提醒旅客,购买节前火车票的同时,也不要忘记提前购买返程火车票,1月13日将可以购买1月27日(正月初六)假期的返程火车票,1月22日可以购买2月5日(元宵节)的火车票。
北京日报客户端 记者 孙宏阳
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |